A manutenção e a limpeza das fossas sanitárias, devem ser feitas da maneira adequada de descartar os resíduos dentro dos padrões exigidos pelos orgãos ambientais. Essa limpeza é realizada por caminhão que age com a aspiração, algumas fossas possuem saídas de águas, dessa forma o procedimento tornam-se mais simples, por meio da retenção dos resíduos mais sólidos.